Objectives and Project Outlines
 

Acronym of the project: Docking@Grid
Title of the project: Conformational Sampling and Docking on Grids



Goals and Summary

Molecular modelling – and notably the conformational sampling and docking procedures – are in principle able to provide help for understanding the interaction mechanisms between (macro)molecules involved in physiological processes. Beyond the obvious interest in computationally predicting the binding modes of partners involved in supramolecular complexes participating in regulatory processes within the living cell, such approach may equally be used for “In Silico” research for means to interfere with the normal or pathological process (rational drug design). However, the processes to simulate are of a combinatorial complexity (molecule size, number of degrees of freedom) that represents an important challenge for the currently available computing power, hence the three imperative research directions in present day’s molecular modelling: (1) the search for mathematical models of maximum simplicity that nevertheless provide a relevant description of molecular behaviour, (2) the development of powerful distributed optimization algorithms (genetic algorithms, local search, hybrid algorithms) for sampling the molecular energy surface for stable, populated conformations, and (3) deploying those intrinsic distributed algorithms on computational Grids. This approach will be generalized to include intermolecular degrees of freedom, turning it into a flexible docking procedure.


30/01/2009 : Docking@GRID Beta 0.1 available!  DOWNLOAD HERE


05/11/2007 : Docking@GRID demonstration available HERE - STIC 2007 (Paris - La Villette)




Acronyme du projet: Docking@Grid
Titre du projet: Echantillonnage Conformationnel et Docking sur Grilles



Objectifs et Résumé

La modélisation moléculaire – et notamment les procédures d’échantillonnage conformationnel et de « docking » - sont en principe des outils capables d’aider à la résolution des mécanismes d’interaction des (macro)molécules à la base des processus physiologiques. Au-delà de l’intérêt évident de pouvoir prédire par calcul les modes de liaison des partenaires formant des complexes à rôle régulateur dans la cellule vivante, cette démarche peut également être utilisée pour la recherche « In Silico » (par calcul) des moyens d’interférer avec le processus physiologique normal ou pathologique – la conception rationnelle de médicaments. Cependant, les processus à simuler sont d’une complexité combinatoire (taille des partenaires, nombre de degrés de liberté) défiant les capacités de calcul disponibles actuellement, d’où les trois impératifs de la recherche actuelle en modélisation moléculaire : (1) trouver des modèles mathématiques d’une simplicité maximale tout en restant fiables pour décrire le comportement moléculaire, (2) développer des puissants algorithmes d’optimisation distribués (Algorithmes génétiques, recherche locale et algorithmes hybrides) pour l’échantillonnage des états peuplées par ces molécules, et (3) déployer ces algorithmes intrinsèquement distribués sur des Grilles de calcul. L’approche sera généralisée pour inclure des degrés de liberté intermoléculaires, en devenant ainsi un outil de « docking » flexible.



30/01/2009 : Docking@GRID Beta 0.1 est en ligne!  TELECHARGER ICI

05/11/2007 : Demonstration de Docking@GRID en ligne ICI - STIC 2007 (Paris - La Villette)